O tratamento da sífilis congênita é sempre recomendado quando o estado de tratamento da sífilis da mãe não é conhecido, quando o tratamento da grávida só foi iniciado no terceiro trimestre ou quando o bebê é difícil de acompanhar após o nascimento. Isto acontece porque todos os bebês que nasçam de mães infectadas com sífilis podem apresentar resultados positivos no exame de sífilis feito à nascença, mesmo que não estejam infectados, devido à passagem dos anticorpos da mãe pela placenta.