O tratamento para hérnia de Morgagni, que é um problema congênito raro no diafragma, deve ser orientado por um cirurgião geral e, normalmente, é feito com cirurgia para corrigir o problema logo após o diagnóstico. Geralmente, a cirurgia é feita por laparoscopia através de um pequeno corte entre as costelas onde o cirurgião insere um pequeno tubo flexível até ao diafragma para corrigir o defeito do diafragma.